公雅寺的阿尼庵堂有两座，一个是卓钦寺，一个是在玛波的央契林寺。

卓钦寺以前位于公雅寺不远处的一个山脚下，但于2001年不幸被泥石流冲塌。后经老仁波切亲自选址，定下了今天卓钦寺的所在。在新址建起的闭关中心，现有十五位阿尼在此进行三年三个月的闭关。卓钦寺的大经堂在善信的支持下，已基本落成，百多位阿尼们又可以在这里共修和听经了。

央契林寺距公雅寺约十公里。原来的寺院是文革后桑杰丹增老仁波切应多个村庄牧民们的共同祈请，为了让当地阿尼们能够有一个修行的道场而兴建的。寺院落成后，曾有近七十位阿尼在这里长期修行闭关。老仁波切圆寂后，该寺的大殿经堂因其土质结构长期被雨水侵袭，造成大殿主梁严重倾斜，面临倒塌的危险，里面的多尊泥塑佛像因为严重漏雨也不幸被毁坏。原有的闭关中心也仅存残墙破壁。因为不具备安住和修法的基本条件，这里的阿尼现多前往亚青寺参学，留下的近二十位阿尼则挤在一个不大的斋堂里进行日常的修法诵经等活动。为了让阿尼们重新有一个安住和修行的地方，2008年巴金仁波切安排在该寺院所在的山上修建了一条土路，2009年开始重建寺院的大殿。